《深度学习与医学图像处理》阅读心得2

kkompp

《深度学习与医学图像处理》阅读心得2 [复制链接]

      本次阅读主要是关于书的第三章：数据标注。

 

1 数据标注：数据标注的目标是为了提高深度学习的精度，本书主要介绍的标注软件是3D Slicer。

 

2软件下载

      官网下载地址市：https://download.slicer.org/

      打开后如图所示：

       这里我们不选最新版本，选择与书籍一样的版本4.11。其下载地址是：https://slicer-packages.kitware.com/#collection/5f4474d0e1d8c75dfc70547e/folder/60ac0ce2ae4540bf6a899ecc

       打开后如图所示：

 

     这里我们选择windows版本，也就是图中的第三个选项。下载安装即可。

 

3 软件界面介绍

     打开软件后，可以看到如图所示界面

       与大部分的可编辑软件布局类似，左侧为操作节目，右侧为工作视图，上方有主菜单栏与工具栏。主菜单栏主要是：file，edit，view与help。

4 加载数据并进行编辑

       数据是DICOM数据，可以导入，本次学习采用软件提供的数据，通过download sample data获得，如图所示。

 

     这里我们选择MRhead数据，下载后，如图所示

       点击 segment editor工具图标开始标注，如下图所示。添加segment，设置阈值，得到如书中的图所示。

       这里可以应用剪刀工具进行裁剪，如图所示。

  标注完成后，要进行保存，如图所示

 

也可以进行导出操作，设置好导出后，进行保存，会出现多个选项如图所示。

 

5 小结

      3D Slicer软件功能强大，用于医学图像处理、可视化、以及进行计算机辅助手术的研究和临床前应用。软件平台支持多模态成像，如CT、MRI和PET，以及生物医学研究。它能够进行图像分割、三维重建、导航和数据分析等功能。本次学习只是初步入门，后续需要对软件进行反复使用，学会更多功能。

 

winnipegtiger

我也是搞这一块的，我也要好好学学。

lugl4313820

这东西，没有三年五年的临床经历，估计也摸不出什么东西。我本是医学高级职称，但是没有物理诊断的经验，也不敢入手。

kkompp

winnipegtiger 发表于 2024-4-9 09:14 我也是搞这一块的，我也要好好学学。

向您学习，共同进步

kkompp

lugl4313820 发表于 2024-4-9 10:03 这东西，没有三年五年的临床经历，估计也摸不出什么东西。我本是医学高级职称，但是没有物理诊断的经验，也 ...

大佬说的太对了

秦天qintian0303

数据标注也得手工标注吧，这就有点考验人了  

kkompp

秦天qintian0303 发表于 2024-4-10 08:46 数据标注也得手工标注吧，这就有点考验人了  

是的了，需要懂医学，至少需要懂怎么看医学图像

bzhou830

秦天qintian0303 发表于 2024-4-10 08:46 数据标注也得手工标注吧，这就有点考验人了  

可以使用一些开源的标注的数据集

通途科技

不错，很好的文章，加油，一起努力！！！！